Patrimoniul muzeului este constituit din circa 500 mostre şi este structurat pe principiul tematic. Mostrele prezentate în vitrinele muzeului sunt în deplină corelaţie cu situaţia din teren a Rezervaţiei „Codrii”. Sunt reprezentate mostre a 34 de specii de mamifere, 88 de specii de păsări, 9 specii de reptile, 9 specii de amfibieni și 364 specii de insecte. Sunt expuse și particularitățile a 23 de cuiburi caracteristice diferitor specii de păsări, în majoritatea lor paseriforme.